Межгорье

19 июня 1978 года ЦК КПСС и Советом Министров СССР было принято постановление № 487—152 о создании Южно-Уральского природного заповедника, тем же постановлением его территория приравнена к районам Крайнего Севера с предоставлением соответствующих льгот лицам, проживающим и работающим в ней, один год работы (службы) приравнивается к 1,5 годам в обычных условиях, выплачивается районный коэффициент, а «военнослужащим, занятым на строительстве специального объекта, надлежало производить выплату полевых денег». Эти льготы были сохранены в указе Президента РФ от 8 июля 1995 года № 687 «Об утверждении границ закрытого административно-территориального образования — города Межгорье Республики Башкортостан», для всех работников города был установлен районный коэффициент 1,7 к заработной плате. Приведённые выше документы, а также решение заместителя председателя Совета Министров СССР от 22 июня 1979 года № ДС-22 и директива Центрального финансового управления Министерства обороны СССР от 25 июня 1979 года № 180/10-00361 являются секретными, по ним доступны только выписки.

Первые сообщения в местной прессе о строительстве, ведущемся в районе горы Ямантау, относятся к началу 1990-х годов. Газета «Белорецкий рабочий» выражала обеспокоенность качеством воды в реке Инзер и писала, что «Уральский горно-обогатительный комбинат Министерства металлургии СССР находится на территории заповедника <…> Ведомством построено два городка и разрабатываются залежи руды». По данным газеты, под юрисдикцией комбината находилось 220 из 2560 км² территории заповедника. В 1992 году объект посещала комиссия в составе двух народных депутатов и заместителя председателя комиссии Верховного Совета Республики Башкортостан по экологии и рациональному использованию природных ресурсов, после чего были опубликованы результаты исследования уровня фонового излучения на объекте, который, по словам комиссии, не представлял радиационной опасности.

В 1991 году в Белорецке-16 были введены в строй очистные сооружения мощностью 20 000 м³/сутки (для сравнения: городские канализационные очистные сооружения 600-тысячной Тюмени имеют мощность 220 000 м³/сутки)

В 1992 году бывший первый секретарь Башкирского обкома КПСС Мидхат Шакиров заявлял, что в горах строится убежище для первых лиц государства на случай войны. В 1996 году начальник строительства объекта Л. А. Циркунов дал интервью местной газете, в котором утверждал, что Шакиров сделал поспешные выводы, так как мог видеть только подготовительную стадию работ, а будущее предназначение объекта объяснил как «хранилище продовольственных запасов и одежды Госрезерва». Поблизости был построен дробильно-сортировочный завод, так как в ходе строительства извлекалось большое количество камня, потребность в котором достаточно велика. По словам Циркунова, на объекте трудились военные строители и работники ФГУП «Управление строительства № 30». В апреле того же года информация о работах появилась в газете New York Times, в статье автор анализировал сообщения местных и общероссийских газет и приводил мнения американских официальных лиц. Игорь Сергеев, бывший в то время главнокомандующим РВСН, отрицал связь между строительством и его войсками. Позже также оглашались данные Стратегического командования Вооружённых сил США о том, что в Ямантау находится секретный комплекс бомбоубежищ. В газете «Сегодня» утверждалось, что объект связан с так называемой системой «Мёртвая рука».

Указом Президента Российской Федерации от 8 июля 1995 года присвоен статус города и ЗАТО.

По состоянию на 2001 год было известно, что «строительство объектов и комбината на территории ЗАТО г. Межгорье не закончено, что подтверждается письмом секретаря Совета безопасности РФ от 2 марта 1999 года № 21-414, письмом руководителя дирекции № 10 НПО «Архей» от 6 апреля 1999 года № 543, справкой НПО «„Архей“ дирекции № 10 от 10 апреля 2001 года № 100, письмом и. о. первого заместителя начальника Главного управления специальных программ Президента Российской Федерации от 28 июля 2000 года № А41/51-666». До середины 2000-х ЗАТО охранялся подразделениями военной части № 71111 9-го центрального управления Министерства обороны РФ. Ныне охрана обеспечивается ведомственной охраной.

Косвенным свидетельством завершения строительства подземного объекта к 2007 году может служить демонтаж одного из цехов горно-обогатительной фабрики, во время проведения которого 24 апреля 2007 года погибли четверо рабочих. Также сообщалось о росте безработицы в Межгорье.

На 2018 год в Межгорье базировались специальное управление ФПС № 103 МЧС России, филиал «Войсковая часть 71111» ФКУ «Войсковая часть 33877», ФГУП «Управление строительства № 30», ФГБУЗ «Медико-санитарная часть № 1452 ФБМА России».